根基營造的營運據點與承攬之新建住宅、商辦、高科技廠房、土木橋梁及公共建築等工程專案，所在場址大多位於高密度開發之都會區、工業區或科學園區。經比對臺灣生物多樣性網路資料庫如下圖所示，根基營造工程專案所在位置均非屬受保護的棲地（自然保留區、野生動物保護區、野生動物重要棲息環境、自然保護區、國家公園及國家自然公園）範圍內。
另根據農業部林業及自然保育署建立之「生態調查資料庫系統」，針對根基營造工程專案施工面積較長的「台61 線後龍觀海大橋及西湖溪橋改建工程」及「C611 標嘉義計畫鐵路高架橋及橋下平面道路工程」，調查所在區域 2 公里範圍內之物種紀錄情形彙整如下表所示：
為因應工程專案施工地區鄰近 2 公里範圍內之生態保育工作，除了依循特定專案環境影響評估報告制定管理計畫，根基營造訂有施工環境保護計畫並落實執行，可將施工過程的環境衝擊降至最低，避免對周圍自然生態造成影響。各項工程專案所採取之施工前環境保護對策及施工階段環境保護對策摘錄如下表所示。
此外，為避免施工過程影響珍貴樹木存活，根基營造亦加強推動相關保護保育措施，基地內之珍貴樹木樹幹以施工圍籬、稻草蓆或麻布包裹保護，避免於施工期間因機械、車輛等因素碰撞造成樹木損傷。施工區域內之樹木如須移植保護，則視實際需要保護之樹種，邀請專家協助調查並訂定樹木移植計畫，以期將對陸域生態環境之影響降至最低。
除了在工區周圍的生態環境保護外，根基營造「自 2019 年起與臺東林務局合作「植樹造林，營造美好家園」，認養 2.6 公頃的造林計畫，持續認養 6 年，累計 4000 株，總預算 72 萬元」，營造野生動植物種生存棲地，強化生態系統的多樣性。
為改善石門水庫水質，經濟部水利署北區水資源分署（簡稱北水局）推動石門水庫集水區內種植面積最廣泛的綠竹筍進行施肥減量，以科學方法施加適量肥料，能確保作物獲得足夠營養，防止剩餘施肥污染下游水體，這種有機施作方式稱為「合理化施肥」。然而，農民普遍擔憂新做法是否對作物的產量與品質有影響，使合理化施肥不易推動。
與北水局合作簽訂企業認養農地方案，認養石門水庫集水區「合理化施肥」農地一公頃，保障農產品減產風險，讓農民無後顧之憂。
*本次計畫相關數據均由北水局提供
